お問い合わせをいただきありがとうございます。
正式な表記で入力できないのですが、この場合は入力できる代わりの文字で登録しても問題ないのでしょうか。
就学奨励費システムとしては代わりの文字で登録していただいて問題ありません。
統合宛名システムへの宛名登録についても、おそらく代替文字を用いて良い(用いたほうが良い)と思います。
※残念ながら正確な回答を持っていませんので、詳しくは統合宛名システム担当部署やマイナンバー担当部署にご確認ください。
税情報の照会には氏名を用いませんので、代替文字でも問題ないのでは?と思います。
代替文字を使った場合に困ることがあるとすれば、保護者等へ提示する帳票(支弁区分決定通知書、支給明細書など)に記載される文字も代替文字になってしまうことではないでしょうか?
受取人となる保護者の了解が得られれば代替文字のままでよいと思いますが、了解が得られない場合には帳票をWordファイル(.rtf) やExcelファイル(.xlsx)にエクスポートして編集し、個別に印刷するなどの対処が必要になりそうです。